Jan Janca hat am 22. September 2011 in Berlin den Ehrenpreis des Georg-Dehio-Kulturpreises erhalten. Damit wurde der "Mittler der Kulturen" für sein Lebenswerk als Organologe (insbesondere Forschungen zur ost- und westpreußischen Orgelgeschichte), aber auch als Organist und Komponist, gewürdigt.